2016-2025: ΕΠΙΤΥΧΙΕΣ ΓΕΝΟΥΣ ΘΗΛΥΚΟΥ

Το επανασυσταθέν γυναικείο τμήμα μπάσκετ είχε ως μεγάλο στόχο την κατάκτηση κάποιου τίτλου, και ειδικότερα του πρωταθλήματος της Ε.Σ.ΚΑ.Ν.Α., που θα έφερνε και την πρώτη άνοδο στις Εθνικές Κατηγορίες. Η μεγάλη προσπάθεια του 2015 δεν καρποφόρησε, η επόμενη σεζόν κύλησε χωρίς πολλές συγκινήσεις (4η θέση), τελικά όμως η μεγάλη στιγμή ήρθε τον Μάιο του 2017. Με τον Πάτροκλο Χλιαουτάκη στον πάγκο, την Χρύσα Λαζάρου ηγέτιδα στο παρκέ και μαζί της μια πολύ δεμένη ομάδα (Δροσωτάκη, Πούλη, Σπύρη, Τσελεπίδου, Ζεβαχιργιάν, Κουτσοδήμου, Γουλουμή, Ιωαννίδου, Γιαννοπούλου) ο Προφήτης κατακτά για πρώτη φορά στην ιστορία του τον τίτλο στην Ε.Σ.ΚΑ.Ν.Α. και ταυτόχρονα την άνοδο στην Α2, παρότι είχε μπει στα πλέι-οφ ως αουτσάιντερ. Στα γήπεδα της Α2 η πορεία ήταν ουσιαστικά προδιαγεγραμμένη, καθώς δεν υπήρχαν μεγάλες οικονομικές δυνατότητες και η ομάδα περιορίστηκε στην τελευταία θέση του ομίλου με μόλις δύο νίκες, όμως ο Προφήτης είχε καταφέρει πια να σταθεροποιηθεί σαν μια υπολογίσιμη δύναμη στο χώρο του γυναικείου μπάσκετ. Όλα τα επόμενα χρόνια ήταν μόνιμα στην τετράδα, το 2022 (με προπονητή τον Θωμά Σκληρό) πήρε το κύπελλο και η επιτυχία της ανόδου επαναλήφθηκε το 2025, κάτω από εντελώς διαφορετικές συνθήκες, αφού ο Προφήτης είχε ξεκινήσει την χρονιά σαν φαβορί. Κάτι που ίσχυε και τα δύο προηγούμενα χρόνια (23 & 24), όπου όμως ήρθαν ισάριθμες αποτυχίες σε τελικούς. Καταλύτης εντέλει ήταν η επιστροφή του κόουτς Χλιαουτάκη, που έφτιαξε μια ομάδα που εξετέλεσε την αποστολή της (Παπαρδέλα, Πλώτα, Μαυράκη, Μεγαλούδη, Μάλαμα, Μαχλά, Παπαμαρκάκη, Σερέτη, Κατσούλη, Ιωαννίδου, Κοσκινά) και έφερε ξανά τον Προφήτη στην Α2.
Η ανδρική ομάδα είχε βρεθεί στην τελευταία τοπική κατηγορία, την Δ', απ' όπου θα της έπαιρνε κάποια χρόνια να ξεκολλήσει. Και εδώ εντέλει τη ροή των πραγμάτων άλλαξε ο κατάλληλος προπονητής: Ο Σάκης Γαζής επέστρεψε στο λόφο και φτιάχνοντας σταδιακά έναν κορμό από καλούς παίκτες που έκατσαν χρόνια στην ομάδα (Μπόθος, Παπαστάμος, Γαζής, Αντωνίου, Λάζια, Χρυσάκης, Κίκης, Τσουκάτος, Πατέρας συν τους Τσιπίδη, Γρηγοράκο που ήρθαν αργότερα) κατέκτησε δύο ανόδους (2019 και 2023) που έφεραν ξανά την ομάδα στη Β'. Και πάλι όμως η παρουσία εκεί ήταν πρόσκαιρη, αφού ήρθε αμέσως ο υποβιβασμός, κι έτσι το 2025 ο Προφήτης βρέθηκε ξανά στην τελευταία τοπική κατηγορία, που πλέον ήταν η Γ', και με το πλάνο της ανασυγκρότησης να ξεκινά εκ νέου.
Μεγάλη σημασία βεβαίως για το τμήμα μπάσκετ έχει όλα αυτά τα χρόνια η διατήρηση σε ικανοποιητικό επίπεδο των ακαδημιών, που πλέον εμφανίστηκαν ξανά αρκετά δυνατές σε αριθμό παιδιών, τηρουμένων φυσικά των αναλογιών και των μεγάλων δυσκολιών που αντιμετωπίζουν, με βασικότερο την έλλειψη κλειστού γηπέδου.
Στην ποδοσφαιρική ομάδα, ο υποβιβασμός του 2015 είχε αφήσει ανοιχτές πληγές, οι οποίες θα αργούσαν να επουλωθούν. Ναι μεν το 2017 ήρθε η επιστροφή στη Β' Κατηγορία (με προπονητή Θωμά Τασιούλα, ωραίο ποδόσφαιρο και παίκτες όπως οι Σελίμης, Μανωλάκος, Κλάδης, Παλυβός, Πατριώτης, Φώσκολος, Φιλιππάκος, Μπόσμος, Σκαλιτόπουλος, Αλλαϊμπέι, Καλλινικίδης, Κλάπης), αλλά ο υποβιβασμός στην Γ' ήρθε αμέσως (μόλις ένα χρόνο μετά) και μάλιστα πολύ εύκολα. Έκτοτε είχαμε μια σταθερά πτωτική πορεία, που σε συνδυασμό με το τεράστιο γηπεδικό πρόβλημα εκείνων των χρόνων (το ΣΕΦ ήταν κλειστό) έφερε τον Προφήτη ακόμα και τελευταίο στην Γ' Κατηγορία. Το καλοκαίρι του 2019 η κατάσταση άρχισε να αλλάζει, όταν μπήκε νέο αίμα στη διοίκηση του τμήματος (Ψυχογιός, Τσακουμάγκος). Η ομάδα νοικοκυρεύτηκε, κάθε χρόνο τερμάτιζε όλο και ψηλότερα και το 2023 κέρδισε εκ νέου την άνοδό της στη Β', μετά από το ιστορικό πια 1-1 με τον Πυθαγόρα, στον αγώνα μπαράζ του γηπέδου της Χαραυγής. Προπονητής ο Άγγελος Σκανάτοβιτς (που είχε πάρει τη σκυτάλη από τον επίσης επιτυχημένο Μάκη Ιωακειμίδη) και σημαντικότεροι παίκτες οι Λιάκος, Μπρέγκου, αφοί Οξύνογλου, Δαλέζιος, Χάιδος, Μήλιος, Τρικαμηνάς, Λεμπέσης, Χάιδος, Παντελάτος, Μασρί, Λάζαρης. Η επανεμφάνιση στη Β' ήταν ζόρικη (πετύχαμε την παραμονή στα μπαράζ), όμως η επόμενη χρονιά ήταν ικανοποιητική (7η θέση) και έδειξε πως η ομάδα μπορεί να σταθεροποιηθεί και να ψάξει και κάτι ακόμα καλύτερο.
Το γεγονός όμως που σημάδεψε την περιόδο αυτή για το ποδοσφαιρικό τμήμα ήταν δυστυχώς πολύ δυσάρεστο. Ο σημαντικότερος άνθρωπος στην ιστορία του τμήματος, ο Γιώργος Κατσαμάς, έφυγε από τη ζωή το 2021, εν μέσω covid,  σκορπώντας απέραντη θλίψη και αφήνοντας ένα τεράστιο κενό στην οικογένεια του Προφήτη.
Το πινγκ-πονγκ είχε αναστείλει την δράση του πριν πολλά χρόνια, συγκεκριμένα από τα τέλη των 90s. Η ιστορία του επέβαλλε όμως να ξαναφτιαχτεί και κάτι τέτοιο έγινε πραγματικότητα, έστω και αργά, περισσότερα από 20 ολόκληρα χρόνια μετά. Η ιδέα του παλιού μας πρωταθλητή Γιώργου Πετρόχειλου έγινε πράξη και η συνεργασία με το σωματείο του Φοίνικα Αγ. Σοφίας έφερε τον Προφήτη ξανά στα τραπέζια. Οι επιτυχίες δεν άργησαν να έρθουν: Οι αδελφές Μαυρίδη και η Φίλη έφεραν ξανά την ομάδα στο βάθρο των νικητών σε πανελλήνιες διοργανώσεις (παγκορασίδες), ενώ το 2025 η χαρά ήταν διπλή: Οι γυναίκες βγήκαν πρωταθλήτριες στη Β' Εθνική Αττικής (Παναγοπούλου, Παγάνη, Φάκαρου, Μαρουλή) και οι άνδρες στο Γ' Τοπικό (Πετρόχειλος, Παναγόπουλος, Κουσιορής, Χολής, Κατριβέσης). Καταλύτης στο εγχείρημα αυτό ο υπεύθυνος του τμήματος  Γιώργος Παναγόπουλος, που αγκάλιασε την προσπάθεια και έχοντας επίγνωση του ειδικού βάρους που κουβαλά το όνομα του Προφήτη, έφερε και συνεχίζει να φέρνει επιτυχίες στο λόφο.