Οι άνθρωποι της ομάδας μπάσκετ είχαν δώσει μεγάλο βάρος στην παραγωγική διαδικασία, και η πρώτη ομάδα είχε έρθει η ώρα να δρέψει τους καρπούς. Το 1997 οι άνδρες επιστρέφουν στην Β' ΕΣΚΑΝΑ. Παρότι δεν καταφέρνουν να σταθεροποιηθούν, και υποβιβάζονται αμέσως, η μαγιά ήδη υπάρχει. Ο κορμός των δικών μας παιδιών (Βλάμης, Πασαγιάννης, Χιωτάκης, Ρουμπελάκης, Τσιστράκης, Παπούλιας) φέρνει άλλη μια άνοδο στη Β', το 1999. Σταδιακά έρχονται και κάποιες πολύ επιτυχημένες μεταγραφές (Λαζαράκος, Τζιώτης, Αλεξόπουλος), επιστρέφει ο Χατζής, και το 2002, μετά από δύο αποτυχημένες προσπάθειες, (πέμπτη θέση ενώ ανέβαιναν τέσσερις) έρχεται η πολυπόθητη άνοδος στην Α' ΕΣΚΑΝΑ, συνοδευόμενη από το πρωτάθλημα. Προπονητές σε εκείνα τα χρόνια ήταν ο Γιώργος Κεφαλίδης και ο Δημήτρης Αθηναίος. Στην κατηγορία των μεγάλων, ο Προφήτης (με κόουτς πια τον Αχιλλέα Δεμέναγα και νέα μεταγραφή τον Ιωαννίδη), θα κάνει άλλη μια σπουδαία πορεία, τερματίζοντας έβδομος, και γράφοντας έτσι την κορυφαία στιγμή στην ιστορία του τμήματος. Το παραμύθι όμως έχει απότομο τέλος, καθώς μετά το πέρας εκείνης της χρονιάς, ο διοικητικός ηγέτης Κώστας Βλάμης αποφασίζει να αποχωρήσει. Οι υποδομές είχαν περάσει σε περίοδο παρακμής, και χωρίς να υπάρχει άμεση διάδοχη λύση, το τμήμα φτάνει ένα βήμα πριν τη διάλυση και η ύπαρξη του σώζεται κυριολεκτικα την τελευταία στιγμή.
Η κρίση είχε ήδη αγγίξει τις γυναίκες δυο χρόνια νωρίτερα. Από το 2001 είχαν αναστείλει τη λειτουργία τους, αν και τα προηγούμενα χρόνια παρουσίαζαν μια συνεπέστατη ομάδα, που είχε πάντα καλές πορείες στο πρωτάθλημα της Α' Κατηγορίας, αλλά και μια παρουσία σε τελικό κυπέλλου, το 2000. Οι πιο σημαντικές αθλήτριες αυτής της φουρνιάς ήταν οι Βλάμη, Κίτσου, Βροχίδου, αδελφές Παππά, Ρουμπελάκη, Τσοχαντζή κ.α..
Γυρίζουμε λίγο πίσω για να πάμε στο ποδόσφαιρο Η περίοδος 97-98 είναι μια από τις πιο ωραίες για το τμήμα, όταν ο Βαγγέλης Κονδυλόπουλος εμφανίζει μια "γεμάτη" ομάδα που παίρνει με περίπατο το πρωτάθλημα της Γ' Κατηγορίας. Με ηγέτη το αυθεντικό ταλέντο Φραντς Μηλόπουλο, που αργότερα πήρε μεταγραφή για την Αυστρία (Γκράτσερ), αλλά και άλλα παιδιά όπως οι Βουλγαρίδης, Ράμμος, Καλαϊτζής, Πιτσικάλης, Φωτόπουλος, συν την "παλιά φρουρά". Στη Β' Πειραιά, ο Προφήτης θα μείνει δύο χρόνια, για να επιστρέψει στη Γ' όταν όλοι σχεδόν οι μεγάλοι θα σταματήσουν. Τότε η ιστορία επαναλαμβάνεται και ο κλήρος πέφτει στον Γιώργο Κατσαμά, προπονητή των "μικρών" και "ψυχή" του τμήματος, που αναλαμβάνει να βγάλει παίκτες που θα στελεχώσουν την ανδρική ομάδα. Αυτό γίνεται πράξη και παρότι μέχρι το 2003 η ομάδα μένει στην κατώτερη κατηγορία, χωρίς να μπορέσει ποτέ να διεκδικήσει ουσιαστικά την άνοδο, η ανάδειξη των νέων γηγενών ποδοσφαιριστών είναι το "κλειδί" που θα οδηγήσει των σύλλογο σε μελλοντικές επιτυχίες.
ΕΠΟΜΕΝΟ: ---> 2004-2012: Η ΣΥΓΧΡΟΝΗ ΕΠΟΧΗ
