Η πρώτη συμμετοχή της ομάδας στο πρωτάθλημα έγινε το καλοκαίρι του 1954 στην δόκιμο κατηγορία. Επειδή εκείνη την εποχή υπήρχαν πολλά ανεξάρτητα σωματεία, η ΕΠΣΠ διοργάνωνε τέτοιου είδους "δοκιμαστικά" πρωταθλήματα, και όποια ομάδα πήγαινε καλά, αγωνιστικά και εξωαγωνιστικά, έπαιρνε άδεια για να συμμετέχει στις κανονικές κατηγορίες. Στο πρωτάθλημα του 1954 ο Προφήτης Ηλίας είχε πολύ καλή παρουσία, κερδίζοντας έτσι μια θέση στο επόμενο πρωτάθλημα της Γ' Κατηγορίας Πειραιά, που ξεκίνησε στο τέλος της ίδιας χρονιάς. Παρότι πήγε πολύ καλά, τερματίζοντας στην τέταρτη θέση, η αναδιάρθρωση που επέβαλλε η ΕΠΣΠ μας έστειλε στη νεοσύστατη Δ' Κατηγορία. Δύο χρόνια μετά (πάλι χάρι σε αναδιάρθρωση), ο Προφήτης επιστρέφει στην Γ' Κατηγορία, για να έρθει η πολυπόθητη άνοδος στην Β' το 1960. Εν τω μεταξύ στο σωματείο έμπαιναν και άλλοι παράγοντες: Σπουδαιότεροι ήταν ο Βαγγέλης Παλληκαράς, ένας ακούραστος εργάτης του συλλόγου που διετέλεσε για πολλά χρόνια πρόεδρος, και ο Νίκος Γιαννακόπουλος, αργότερα πρόεδρος της ΕΠΣΠ και στενός συνεργάτης του μεγάλου Παναγιώτη Σαλπέα. Οι πρώτοι καλοί παίκτες, όπως ο χαρισματικός σέντερ-φορ Κοιλάκος (που επέστρεψε ως παίκτης-προπονητής το '64), ο τερματοφύλακας Επιτρόπουλος και πολύ αργότερα ο χαφ Γιαννούλης έπαιρναν μεταγραφή, όλοι για τον Εθνικό. Όμως οι λόφος είχε πάντα την ευχέρεια να αναδεικνύει νέους "τοπικούς ήρωες". Κατ' αρχήν ο εξτρέμ Ψυλλάκης, ο καλύτερος ίσως παίκτης αυτών των πρώτων ετών. Αλλά και άλλοι, όπως το επιθετικό δίδυμο Ζωνιάδης-Σκαρώνης, με πάρα πολλά γκολ και προσφορά, ο Ψιμόπουλος, που ξεκίνησε σαν επιθετικός και κατέληξε τερματοφύλακας, ο δυναμικός αμυντικός χαφ Δαδημόπουλος, ο μπαλαδόρος ακραίος επιθετικός Καράμπελας. Λίγο αργότερα, στη δεύτερη φουρνιά ποδοσφαιριστών, εμφανίστηκε ο πιστός παικταράς Γκόλφης, ο τρομερός Βαγγέλης Κοντός, ένα οχτάρι της εποχής που έκανε τα πάντα στο γήπεδο, ο αγνός Προφητηλιώτης Αλέκος Βασιλείου, που έπαιζε έξω δεξιά, ο χαφ Βαγγέλης Κονδυλόπουλος, κι αυτός με τρομερή προσφορά από πολλές θέσεις, ο Γιάννης Κουμπράκης, που έτρεχε ασταμάτητα για ενενήντα λεπτά, ο επίσης πολύ σπουδαίος χαφ Βαλούρδος, και φυσικά πολλοί ακόμη, που στήριξαν το σωματείο στα δύσκολα, όσο και όμορφα, πρώτα χρόνια, που οι φίλαθλοι ακολουθούσαν παντού την ομάδα, αλλά και τα επεισόδια ήταν... στην ημερήσια διάταξη των αγώνων.
Το τμήμα πινγκ-πονγκ ήταν αυτό που δόξασε όσο κανένα άλλο τον σύλλογο, κάνοντας τον γνωστό σε όλη την Ελλάδα. Τα πρώτα βήματα έγιναν το 1956, και υπό την καθοδήγηση του Γιάννη Λουκά, μιας τεράστιας μορφής του συλλόγου μας, που έπαιξε σημαίνοντα ρόλο στην εξέλιξη του αθλήματος στην Ελλάδα, ο Προφήτης Ηλίας δημιούργησε σιγά-σιγά μια πανίσχυρη ομάδα. Το 1962, με την Ελβίρα Μαστραντώνη και την "μαγική" 13χρονη Μαρία Λουκά, το σωματείο πετυχαίνει το ακατόρθωτο: Μια ομάδα της γειτονιάς με ιστορία μόλις 8 ετών κατακτά πανελλήνιο τίτλο, αυτόν του διασυλλογικού γυναικών. Το ασκητήριο (επί της οδ. Ελ. Βενιζέλου) γεμίζει συνεχώς από παιδιά που ενδιαφέρονται για το άθλημα, σε μια πολύ περίεργη κατάσταση, γιατί το πινγκ-πονγκ θεωρούταν τότε... ημί-παράνομο(!), καθώς εντασσόταν στον κατάλογο "τυχερών παίγνιων"!
Το μπάσκετ έκανε κι αυτό τα πρώτα του βήματα εκείνη την εποχή. Το 1958 δημιουργήθηκε ομάδα, που εμφανίσθηκε στο πρωτάθλημα της Γ' Κέντρου, όπου σε δέκα αγώνες υπέστη ισάριθμες ήττες. Και ενώ την επόμενη χρονιά υπήρξε βελτίωση, όταν προσλήφθηκε ως προπονητής ο Θ. Βαμβακούσης (παίκτης του Ολυμπιακού), το ενδιαφέρον για το τμήμα σταδιακά ατόνησε, και έτσι περιήλθε σε αδράνεια για είκοσι περίπου χρόνια.
Εκείνη την εποχή άλλαξε επίσης και η ονομασία του ομίλου: Η ίδρυση των νέων τμημάτων οδήγησε στην εγκατάλειψη της μέχρι τότε ονομασίας ("Ποδοσφαιρική και Εκδρομική Ένωσις"), που το 1961 μεταλλάχθηκε σε "Αθλητικός Όμιλος Προφήτου Ηλιού".
ΕΠΟΜΕΝΟ: ---> 1967-1974: ΤΑ ΔΥΣΚΟΛΑ ΧΡΟΝΙΑ
